Я довольно долго экспериментировал с хранением бэкапов разными способами, даже как-то баловался с GmailFS. Пару месяцев назад я попробовал Диск от Яндекса, и сейчас могу совершенно определенно сказать, что в кои-то веки Яндекс создал хоть что-то приличное. Уж не знаю, как позиционирует его сам Яндекс, но мне этот сервис приглянулся для хранения бэкапов. У меня оно работает примерно так:

# cat /etc/davfs2/davfs2.conf 
cache_dir       /var/cache/davfs2
cache_size      50
table_size      1024
dir_refresh     60
file_refresh    1
delay_upload    0
use_locks    0

Файл /etc/davfs2/secrets содержит строчку с логином и паролем на Яндекс.Диск:
https://webdav.yandex.ru topsecretlogin “topsecretpassword”

В /etc/fstab прописывается строчка:
https://webdav.yandex.ru /backup davfs rw,user,noauto 0 0

Почти готово. Теперь Яндекс.Диск легко монтируется командой mount /backup без ввода пароля. На тот случай, если кто-то посторонний получит доступ к бэкапам, их по-хорошему следует зашифровать чем-нибудь криптостойким, например, gpg.

Уже третий месяц сервис работает почти без нареканий, и бэкапы по расписанию аккуратно заливаются на Яндекс.Диск.

Один недостаток я нашел, но он не имеет отношения к сервису Яндекса. Периодически в директории /var/cache/davfs2 накапливается довольно много файлов, которые davfs2 почему-то не удаляет при размонтировании директории /backup. Чтобы исключить переполнения раздела /var, я их чищу после размонтирования:
/bin/rm -Rf /var/cache/davfs2/webdav.yandex.ru*